追放令が取り消された後の1864年、ワーグナーに心酔していたバイエルン国王ルートヴィヒ2世から突然招待を受ける。しかしそれを非難した宮廷勢力や、すでに噂となっていたリストの娘で指揮者ハンス・フォン・ビューローの妻だったコジマ（Cosima, 1837年 - 1930年）との仲を王も快く思わなかったことから、翌年スイスへ退避し、ルツェルン郊外トリープシェンの邸宅に住んだ。
コジマは少女時代からワーグナーの才能に感銘を受けていたが、ワーグナーの支持者であったビューローと結婚し、2人の子を儲けていた。ところがこのころワーグナーと深い仲となり、ついにワーグナーの娘イゾルデを産む（2人とも離婚していない）。ワーグナーの正妻ミンナが病死（1866年）したのち、コジマはビューローと離婚してワーグナーと再婚した（1870年）。そしてビューローはワーグナーと決別し、当時ワーグナー一派と敵対していたブラームス派に加わる。
1867年には『ニュルンベルクのマイスタージンガー』が完成した。
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『ジークフリート牧歌』は、コジマと子供たちのために密かに作曲し、1870年のコジマの誕生日に演奏したものであるが、現在でも歌劇以外の作品として特に有名である。
1872年、バイロイトへ移住し、ルートヴィヒ2世の援助を受けて、ワーグナーが長く夢見てきた彼自身の作品のためのバイロイト祝祭劇場の建築を始める。1874年に『ニーベルングの指環』を完成。劇場は1876年に完成し、『指輪』が華々しく上演された。が、自身が演出したこの初演にはワーグナーはひどく失望して、再度の上演を強く望んだが、おもに多額の負債のため、生前には果しえなかった。
1882年、舞台神聖祝典劇『パルジファル』を完成。最後の作品となった本作は、バイロイト祝祭劇場の特殊な音響への配慮が顕著で、作品の性格と合わせて、ワーグナーはバイロイト以外での上演を禁じている（詳しくは『パルジファル』）。このころには祝祭劇場と彼の楽劇はヨーロッパの知識人の間で一番の関心の的となる。彼の言行はいろいろの形で流布され、反ユダヤ主義者としても有名となったが、その一方でユダヤ人指揮者ヘルマン・レーヴィ（Hermann Levi）に『パルジファル』の指揮を任せたりしている。
1883年2月13日、ヴェネツィアへの旅行中、客死。
作品でも私生活でも女性による救済を求め続けたワーグナーらしく、最後に書いていた論文は「人間における女性的なるものについて」であり、その執筆中に以前から患っていた心臓発作が起きての死であった。
後継者たち
ワーグナーの死後、祝祭劇場はコジマ、ついで息子のジークフリート（Siegfried, 1869年 - 1930年）が中心となって運営した。ジークフリートは作曲家としても活動している。ワーグナーを好んだヒトラーは晩年のコジマに面会している。1930年にコジマとジークフリートが相次いで死去すると、ジークフリート夫人のヴィニフレート（イギリス出身、1897年 - 1980年）があとを継いだが、彼女はヒトラーと個人的にも親しくし（一時は結婚の噂もあったほどである）、ついに祝祭劇場はナチス政権の国家的庇護を受けることになった。なお長女フリーデリンデ（Friedelinde, 1918年 - 1991年）は母のナチスへの協力を嫌って出奔し、アメリカへ亡命した。
第二次世界大戦の敗戦後、ヴィニフレートはナチスとの協力の責任を問われて祝祭劇場への関与を禁止された。劇場は一時アメリカ軍に接収されたが、長男ヴィーラント（1917年 - 1966年）に返還。1951年、フルトヴェングラー指揮の第九でバイロイト音楽祭も再開された。ヴィーラントは戦後のバイロイトでの上演の多くを演出し、舞台装置を極端に簡略化し、照明の活用と、わずかな動きに密度の濃い意味を持たせるその演出技法は、巨匠カール・ベームの新即物主義的な名演奏とともに「新バイロイト様式」として高い評価を受けるとともに、ナチス時代との訣別を明確にした。なお、彼の演出にはテオドール・アドルノ、エルンスト・ブロッホらナチスとは対極的な多くの知識人の支持・支援があった。ヴィーラントの死後は弟のヴォルフガング（Wolfgang, 1919年 - ）が兄の姑息たちを完全にバイロイトから追い払い、自分の子孫たちとだけ運営を引き継いでいる。彼はヴィーラント時代から演出にも携わっており、兄の死後も少なからぬ作品の演出も行ってはいるが、ゲッツ・フリードリヒ、パトリス・シェロー、ハリー・クプファー等を筆頭に、外部の演出家による上演に比重が移って今日に至っている。ヴォルフガングはむしろ音楽祭の運営面での実績が顕著であるが、一方でバイロイトの兄方の子孫を無視したり、公的補助をほんの少ししか受け取らないでパトロンの金で多くを運営して人事を決める「私物化」と「商業主義化」への批判があり、優れたワーグナー指揮者・歌手・演出家が彼と対立して、音楽祭から身を引く例が少なくない。